In un Giappone devastato dagli attacchi di enormi Kaiju, Kafka Hibino trascorre le sue giornate eliminando le loro spoglie per una ditta di smaltimento, ma un incontro con Mina Ashiro, brillante comandante delle Forze di Difesa, riaccende in lui un sogno dimenticato: diventare un eroe e combattere i kaiju in prima linea.