Die Batman-Familie ist in die Gegenwart zurückgekehrt und muss feststellen, dass Japan verschwunden ist und eine riesige Insel – Hinomoto – nun über Gotham City thront. An ihrer Spitze thront die Yakuza, eine Gruppe von Superhelden, die ohne Ehre und Menschlichkeit regieren und der Gerechtigkeitsliga verdächtig ähnlich sehen. Nun liegt es an Batman und seinen Verbündeten, Gotham zu retten!